Fischkot, Futterüberreste, sowie abgestorbene Pflanzenteile führen zur Entstehung von Schadstoffen. Zu den wichtigsten Schadstoffen gehört Ammonium (NH3), das für Fische äußerst schädlich, ja tödlich ist. In Filtern vorhandene Bakterien der Gattung Nitrosomas wandeln Ammonium in giftiges Nitrit um, welches für die Atemwege der Fische extrem schädlich ist. Die Aufnahme von Sauerstoff wird dadurch sehr beeinträchtigt. In einem weiteren Schritt wird das Nitrit dann durch Bakterien der Gattung Nitrobacter zu dem relativ harmlosen Nitrat weiteroxidiert, welches teilweise von den Pflanzen aufgenommen werden kann.